Strajk rozpoczął się 13 maja 1901 r. w momencie wręczania uczniom podręczników w języku niemieckim. Dzieci albo ich nie odbierały albo pozostawiały na ławkach. Symboliczny gest wykonała uczennica najstarszej klasy Bronisława Śmidowiczówna, która gdy otrzymała od nauczyciela niemiecki katechizm zwróciła go, trzymając  przez fartuszek. Jak po latach wspominała „Wiedziona jakimś niewytłumaczalnym odruchem chwyciłam książkę przez fartuszek”.  Dla niemieckich nauczycieli taka postawa dzieci była bardzo dużym zaskoczeniem, nie spodziewali się, że ich uczniowie są zdolni do tak dojrzałej postawy patriotycznej i obywatelskiej. Jednak bierny opór dzieci akceptowany i popierany przez ich rodziców coraz bardziej wywoływał poczucie wściekłości wśród nauczycieli tym bardziej iż o strajku mówiono coraz głośniej już nie tylko we Wrześni, ale również w innych częściach Cesarstwa Niemieckiego, a później Europy i świata. Pedagodzy również wykazywali szczególnie mocną nienawiść do polskości. Jak wspominała później jedna z uczennic uczestniczących w strajku, gdy nauczyciel usłyszał jak na przerwie rozmawia po polsku powiedział: „Możecie rozmawiać po francusku, angielsku, nawet po chińsku, tylko nie po polsku”. Niemieccy nauczyciele za wszelką cenę chcieli spacyfikować strajk. Początkowo zachętą, a później coraz bardziej dotkliwą chłostą i wielogodzinnymi aresztami. Przysłowiowym mózgiem całej operacji złamania dzieci był inspektor szkolny dr P. Winter, który w wiosenne dni strajkowe był częstym gościem placówki. Wielokrotnie pytał dzieci „Kim jesteście?”, po czym za każdym razem padała chóralna odpowiedź „Jesteśmy Polakami”. Uczniowie w swoim oporze wykazali się również świetnym rozeznaniem ówczesnej sytuacji politycznej jak choćby jedna   z uczennic tłumacząc strajk mówiła „Przecież kanclerz Bϋlow powiedział, że każdy ptak powinien tak śpiewać, jak mu dziób urósł, a nam urósł polski, więc chcemy śpiewać po polsku”. Uczniowie również bezgranicznie wierzyli w odrodzenie się Ojczyzny i na pytanie „Czy Polska będzie” odpowiadali „Polska była i będzie”.

Do największego nasilenia strajkowego doszło 20 maja 1901 roku. Dzieci przez cały czas bezwzględnie trwały w oporze i na pytania zadawane po niemiecku odpowiadały konsekwentnie w języku polskim. Dla najbardziej opornych, 26 uczniów Katolickiej Szkoły Ludowej inspektor Winter zarządził dwugodzinny areszt z nakazem by przez ten czas nauczyli się po niemiecku pieśni „Kto się w opiekę”. Po tym czasie część dzieci zwolniono zaś czternaścioro uczniów przykładnie ukarano chłostą wykonaną przez Johana Scholzchena odpowiednio od 4 do 8 uderzeń na wewnętrzną część dłoni (dziewczynki) oraz od 4 do uderzeń na siedzenie (chłopcy). Gdy poranione i zapłakane dzieci opuszczały szkołę przed budynkiem zgromadził się 100 – 200 osobowy tłum składający się z rodziców, rodzin i polskich mieszkańców Wrześni. Manifestanci wykrzykiwali obelgi w kierunku nauczycieli, doszło również do pojedynczych rękoczynów. Najbardziej aktywnymi uczestnikami demonstracji był Stanisław Śmidowicz oraz Nepomucena Piasecka, która zaatakowała nauczyciela Feliksa Koralewskiego. Inspektor Winter udał się na posterunek żandarmerii po ochronę. Gwałtowna ulewa na chwilę przerwała zgromadzenie lecz później tłum wrócił pod szkołę i sytuacja uległa zaostrzeniu. Wezwana na miejsce niemiecka żandarmeria spisała najbardziej krewkich uczestników zgromadzenia. Obdukcje pobitym dzieciom wykonał polski lekarz dr Ludwik Krzyżagórski, który u czworo stwierdził przekroczenie prawa do wykonania chłosty. Na wieść o wydarzeniach we Wrześni w akcie solidarności zastrajkowały dzieci ze szkół w Miłosławiu, Pleszewie, Buku, Gostyniu i Krobi.