Na zachód od Wrześni (4,7 km od Ratusza Miejskiego), tuż przy granicy gminy Września z gminą Nekla leży wieś Żerniki. Wypływa stąd rzeczka Żeleźnica znana potocznie pod nazwą Bardzianka, lub Bardeczka (Niemcy strugę nazywali Wielka).

Żerniki to stara miejscowość, pierwotnie zwana też Czerniki. Wieś nadał Władysław Łokietek niejakiemu Jarocie z Niemczykowa. Ten zaś w 1352 r. przekazał Czerniki (Żerniki) swojemu zięciowi Dominikowi z Czernik (Żernik), należącego do szlachty wielkopolskiej zawiązującej konfederację na rzecz króla Kazimierza Wielkiego. W 1361 r. król Kazimierz Wielki potwierdził własność posiadania Dominika z Czernik (Żernik).

W 1578 r. właścicielem wsi był Łukasz Żernicki. W 1618 r. władali nią Piotr i Łukasz Żerniccy. W czasach drugiego rozbioru wieś posiadał Maciej Krzypiński.
W XIX w. dworem i folwarkiem władali Węsierscy i Chełmiccy, a na przełomie XIX i XX w. były własnością Feliksa Ostoi-Alkiewicza.

W II poł XIX i na pocz. XX w. wieś należała do Urzędu Stanu Cywilnego w Obłaczkowie, urząd pocztowy miała w Podstolicach, gdzie również najbliższa stacja kolejowa, zaś dzieci uczęszczały do szkoły w Psarskich Olędrach (tj. do Psar Wielkich).

Wieś dzieliła się na dwór i wieś. Niemcy zwali miejscowość Zerniki bei Wreschen (Żerniki pod Wrześnią). Dwór w XIX w. wybudowała niedaleko dawnego grodziska średniowiecznego, gdzie stały starsze dwory, rodzina Węsierskich. Co ciekawe w parku dworskim znajdował się pomnik Adama Mickiewicza. Część dworską pod koniec XIX w. zamieszkiwało 65 osób. Natomiast część wiejska zamieszkana była przez 68 osób, w tym 5 ewangelików. Razem wówczas wieś liczyła 133 mieszkańców. Obecnie część wiejska tzw. Żerniki Huby (od lat 30. XX w.) nosi nazwę Chociczka.

Po II wojnie światowej folwark stał się częścią PGR Chwalibogowo. Natomiast dwór został rozebrany. Przez lata wieś nie posiadała utwardzonej drogi do miasta.

Od wieków Żerniki należą do parafii pw. św. Katarzyny Aleksandryjskiej w Opatówku, a do 2004 r. wchodziły w skład archidiecezji poznańskiej (obecnie do gnieźnieńskiej). Na cmentarzu przykościelnym w Opatówku znajduje się grobowiec rodziny Węsierskich herbu Belina.

Pod koniec lat 90. XX w. w Żernikach mieszkały 33 osoby. W 2017 r. kiedy przez wieś przeszła sierpniowa nawałnica niszcząc resztki domostw zameldowany był 1 mieszkaniec. Obecnie w Żernikach nikt nie mieszka. Pozostały tylko szczątkowe ruiny jednego z dworskich czworaków i resztki kruszących się już cegieł z dawnych zabudowań folwarcznych. Od ubiegłego roku teren wsi połączyła nowa droga asfaltowa z Chociczki do Opatówka.